Stein Aerts

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Coautores

Zeynep Kalender AtakResearch Associate at CRUK Cambridge Institute, University of CambridgeDirección de correo verificada de cruk.cam.ac.uk
Jasper WoutersSenior Scientist Computational Biology @ Galapagos NV (Mechelen, Belgium)Dirección de correo verificada de glpg.com
Sara AibarVIB-KU LeuvenDirección de correo verificada de kuleuven.vib.be
Hana ImrichovaPostdoctoral FellowDirección de correo verificada de student.kuleuven.be
Kristofer DavieHead, Single Cell Bioinformatics Expertise Unit, VIB-CBD, KU LeuvenDirección de correo verificada de kuleuven.be
Yves MoreauUniversity of LeuvenDirección de correo verificada de esat.kuleuven.be
Delphine PotierCRCMDirección de correo verificada de cnrs.fr
Georg HalderVIB and University of Leuven, BelgiumDirección de correo verificada de vib.be
Bassem HassanScientific Director and Team Leader, Paris Brain InstituteDirección de correo verificada de icm-institute.org
Jan CoolsKU Leuven, VIBDirección de correo verificada de kuleuven.be
Diether LambrechtsLaboratory for Translational Genetics, Department of Oncology, VIB and KULeuven, Leuven, BelgiumDirección de correo verificada de vib-kuleuven.be
Bernard ThienpontLaboratory of Functional Epigenetics - KULeuven, BelgiumDirección de correo verificada de kuleuven.be
jelle jacobsResearch Associate LISCO KULeuvenDirección de correo verificada de kuleuven.be
Bart De Stroopergewoon hoogleraar KU Leuven en onderzoeksdirecteur VIBDirección de correo verificada de cme.vib-kuleuven.be
Carl HerrmannProfessor of Bioinformatics - IPMB - Heidelberg UniversityDirección de correo verificada de uni-heidelberg.de
Mardelle AtkinsAssistant Professor, Sam Houston State UniversityDirección de correo verificada de shsu.edu

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Stein Aerts

Professor @ University of Leuven; VIB Scientific Director & Group Leader

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Bioinformatics gene regulation single-cell regulatory genomics


Título Ordenar por citas Ordenar por año Ordenar por título	Citado por Citado por	Año
SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering S Aibar, CB González-Blas, T Moerman, VA Huynh-Thu, H Imrichova, ... Nature methods 14 (11), 1083-1086, 2017	4161	2017
Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment D Lambrechts, E Wauters, B Boeckx, S Aibar, D Nittner, O Burton, ... Nature medicine 24 (8), 1277-1289, 2018	1407	2018
Gene prioritization through genomic data fusion S Aerts, D Lambrechts, S Maity, P Van Loo, B Coessens, F De Smet, ... Nature biotechnology 24 (5), 537-544, 2006	1137	2006
A scalable SCENIC workflow for single-cell gene regulatory network analysis B Van de Sande, C Flerin, K Davie, M De Waegeneer, G Hulselmans, ... Nature protocols 15 (7), 2247-2276, 2020	880	2020
iRegulon: from a gene list to a gene regulatory network using large motif and track collections R Janky, A Verfaillie, H Imrichová, B Van de Sande, L Standaert, ... PLoS computational biology 10 (7), e1003731, 2014	851	2014
Discovery of functional elements in 12 Drosophila genomes using evolutionary signatures A Stark, MF Lin, P Kheradpour, JS Pedersen, L Parts, JW Carlson, ... Nature 450 (7167), 219-232, 2007	722	2007
A single-cell transcriptome atlas of the aging Drosophila brain K Davie, J Janssens, D Koldere, M De Waegeneer, U Pech, Ł Kreft, ... Cell 174 (4), 982-998. e20, 2018	695	2018
Toward minimal residual disease-directed therapy in melanoma F Rambow, A Rogiers, O Marin-Bejar, S Aibar, J Femel, M Dewaele, ... Cell 174 (4), 843-855. e19, 2018	658	2018
Melanoma addiction to the long non-coding RNA SAMMSON E Leucci, R Vendramin, M Spinazzi, P Laurette, M Fiers, J Wouters, ... Nature 531 (7595), 518-522, 2016	577	2016
Alteration of the micro RNA network during the progression of Alzheimer's disease P Lau, K Bossers, R Janky, E Salta, CS Frigerio, S Barbash, R Rothman, ... EMBO molecular medicine 5 (10), 1613-1634, 2013	519	2013
Fly Cell Atlas: A single-nucleus transcriptomic atlas of the adult fruit fly H Li, J Janssens, M De Waegeneer, SS Kolluru, K Davie, V Gardeux, ... Science 375 (6584), eabk2432, 2022	497	2022
Exome sequencing identifies mutation in CNOT3 and ribosomal genes RPL5 and RPL10 in T-cell acute lymphoblastic leukemia K De Keersmaecker, ZK Atak, N Li, C Vicente, S Patchett, T Girardi, ... Nature Genetics, 2012	460	2012
GRNBoost2 and Arboreto: efficient and scalable inference of gene regulatory networks T Moerman, S Aibar Santos, C Bravo González-Blas, J Simm, Y Moreau, ... Bioinformatics 35 (12), 2159-2161, 2019	453	2019
p53 induces formation of NEAT1 lncRNA-containing paraspeckles that modulate replication stress response and chemosensitivity C Adriaens, L Standaert, J Barra, M Latil, A Verfaillie, P Kalev, B Boeckx, ... Nature medicine 22 (8), 861-868, 2016	449	2016
Decoding the regulatory landscape of melanoma reveals TEADS as regulators of the invasive cell state A Verfaillie, H Imrichova, ZK Atak, M Dewaele, F Rambow, G Hulselmans, ... Nature communications 6 (1), 6683, 2015	446	2015
cisTopic: cis-regulatory topic modeling on single-cell ATAC-seq data C Bravo González-Blas, L Minnoye, D Papasokrati, S Aibar, ... Nature methods 16 (5), 397-400, 2019	357	2019
ORegAnno: an open-access community-driven resource for regulatory annotation OL Griffith, SB Montgomery, B Bernier, B Chu, K Kasaian, S Aerts, ... Nucleic acids research 36 (suppl_1), D107-D113, 2007	321	2007
E ndeavour update: a web resource for gene prioritization in multiple species LC Tranchevent, R Barriot, S Yu, S Van Vooren, P Van Loo, B Coessens, ... Nucleic acids research 36 (suppl_2), W377-W384, 2008	279	2008
SCENIC+: single-cell multiomic inference of enhancers and gene regulatory networks C Bravo González-Blas, S De Winter, G Hulselmans, N Hecker, ... Nature methods 20 (9), 1355-1367, 2023	248	2023
Toucan: deciphering the cis ‐regulatory logic of coregulated genes S Aerts, G Thijs, B Coessens, M Staes, Y Moreau, BD Moor Nucleic acids research 31 (6), 1753-1764, 2003	243	2003

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