Björn Grüning

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Coautores

Rolf BackofenProfessor für Bioinformatik, Universität FreiburgDirección de correo verificada de informatik.uni-freiburg.de
Anton NekrutenkoPenn State UniversityDirección de correo verificada de nekrut.org
Thomas MankeHead of Bioinformatics and Deep-Sequencing Unit, Max Planck Institute for Immunobiology andDirección de correo verificada de ie-freiburg.mpg.de
Marius van den BeekSci-ScaleDirección de correo verificada de sci-scale.net
Fidel RamirezBoehringer IngelheimDirección de correo verificada de boehringer-ingelheim.com
Daniel BlankenbergCenter for Computational Life Sciences, Lerner Research Institute, Cleveland Clinic / Galaxy ProjectDirección de correo verificada de ccf.org
Nicola SoranzoEarlham InstituteDirección de correo verificada de earlham.ac.uk
Dave BouvierComputational Scientist, Pennsylvania State UniversityDirección de correo verificada de bx.psu.edu
Ralf GilsbachInstitute of Experimental Cardiology, University of HeidelbergDirección de correo verificada de uni-heidelberg.de
Jeremy GoecksAssistant Center Director, Research Informatics at the Moffitt Cancer CenterDirección de correo verificada de moffitt.org
Devon P RyanGenedata AGDirección de correo verificada de dpryan.com
James TaylorProfessor of Biology and Computer Science, Johns Hopkins UniversityDirección de correo verificada de jhu.edu
Enis AfganResearch Scientist, Johns Hopkins UniversityDirección de correo verificada de jhu.edu
Vivek BhardwajAssistant Professor at Utrecht UniversityDirección de correo verificada de uu.nl
Steffen HeyneRocheDirección de correo verificada de roche.com
Martin ČechPenn StateDirección de correo verificada de bx.psu.edu
Aysam Guerlerwww.guerler.orgDirección de correo verificada de guerler.org
Vahid JaliliComputational Scientist II, Broad Institute of MIT and HarvardDirección de correo verificada de broad.mit.edu
Yasset Perez-RiverolTeam Coordinator, Proteomics Resources, EMBL-EBI, UKDirección de correo verificada de ebi.ac.uk
Anika ErxlebenUniversity of FreiburgDirección de correo verificada de informatik.uni-freiburg.de

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The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2018 update E Afgan, D Baker, B Batut, M Van Den Beek, D Bouvier, M Čech, J Chilton, ... Nucleic acids research 46 (W1), W537-W544, 2018	6550	2018
deepTools2: a next generation web server for deep-sequencing data analysis F Ramírez, DP Ryan, B Grüning, V Bhardwaj, F Kilpert, AS Richter, ... Nucleic acids research 44 (Web Server issue), W160, 2016	6373	2016
deepTools: a flexible platform for exploring deep-sequencing data F Ramírez, F Dündar, S Diehl, BA Grüning, T Manke Nucleic acids research 42 (W1), W187-W191, 2014	2953	2014
Bioconda: sustainable and comprehensive software distribution for the life sciences B Grüning, R Dale, A Sjödin, BA Chapman, J Rowe, CH Tomkins-Tinch, ... Nature methods 15 (7), 475-476, 2018	1225	2018
Autosomal dominant immune dysregulation syndrome in humans with CTLA4 mutations D Schubert, C Bode, R Kenefeck, TZ Hou, JB Wing, A Kennedy, ... Nature medicine 20 (12), 1410-1416, 2014	908	2014
High-resolution TADs reveal DNA sequences underlying genome organization in flies F Ramírez, V Bhardwaj, L Arrigoni, KC Lam, BA Grüning, J Villaveces, ... Nature communications 9 (1), 189, 2018	802	2018
BioContainers: an open-source and community-driven framework for software standardization F da Veiga Leprevost, BA Grüning, S Alves Aflitos, HL Röst, J Uszkoreit, ... Bioinformatics 33 (16), 2580-2582, 2017	589	2017
Small-molecule conversion of toxic oligomers to nontoxic β-sheet–rich amyloid fibrils J Bieschke, M Herbst, T Wiglenda, RP Friedrich, A Boeddrich, F Schiele, ... Nature Chemical Biology 8 (1), 93-101, 2011	503	2011
pyGenomeTracks: reproducible plots for multivariate genomic datasets L Lopez-Delisle, L Rabbani, J Wolff, V Bhardwaj, R Backofen, B Grüning, ... Bioinformatics 37 (3), 422-423, 2021	347	2021
Dynamic DNA methylation orchestrates cardiomyocyte development, maturation and disease R Gilsbach, S Preissl, BA Grüning, T Schnick, L Burger, V Benes, A Würch, ... Nature communications 5 (1), 5288, 2014	340	2014
Galaxy HiCExplorer 3: a web server for reproducible Hi-C, capture Hi-C and single-cell Hi-C data analysis, quality control and visualization J Wolff, L Rabbani, R Gilsbach, G Richard, T Manke, R Backofen, ... Nucleic acids research 48 (W1), W177-W184, 2020	271	2020
NCBI BLAST+ integrated into Galaxy PJA Cock, JM Chilton, B Grüning, JE Johnson, N Soranzo Gigascience 4 (1), s13742-015-0080-7, 2015	256	2015
Distinct epigenetic programs regulate cardiac myocyte development and disease in the human heart in vivo R Gilsbach, M Schwaderer, S Preissl, BA Grüning, D Kranzhöfer, ... Nature communications 9 (1), 391, 2018	233	2018
Galaxy HiCExplorer: a web server for reproducible Hi-C data analysis, quality control and visualization J Wolff, V Bhardwaj, S Nothjunge, G Richard, G Renschler, R Gilsbach, ... Nucleic acids research 46 (W1), W11-W16, 2018	211	2018
Community-driven data analysis training for biology B Batut, S Hiltemann, A Bagnacani, D Baker, V Bhardwaj, C Blank, ... Cell systems 6 (6), 752-758. e1, 2018	209	2018
Tools and data services registry: a community effort to document bioinformatics resources J Ison, K Rapacki, H Ménager, M Kalaš, E Rydza, P Chmura, C Anthon, ... Nucleic acids research 44 (D1), D38-D47, 2016	185	2016
Galaxy tools and workflows for sequence analysis with applications in molecular plant pathology PJA Cock, BA Grüning, K Paszkiewicz, L Pritchard PeerJ 1, e167, 2013	170	2013
Strategies for analyzing bisulfite sequencing data K Wreczycka, A Gosdschan, D Yusuf, B Grüning, Y Assenov, A Akalin Journal of biotechnology 261, 105-115, 2017	166	2017
SuperScent—a database of flavors and scents M Dunkel, U Schmidt, S Struck, L Berger, B Gruening, J Hossbach, ... Nucleic acids research 37 (suppl_1), D291-D294, 2009	162	2009
StreptomeDB: a resource for natural compounds isolated from Streptomyces species X Lucas, C Senger, A Erxleben, BA Grüning, K Döring, J Mosch, ... Nucleic acids research 41 (D1), D1130-D1136, 2012	155	2012

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